由于未知病毒的大规模流行、地壳运动，以及陨石群的突然降落，人类的活动范围被严重地限制、缩小。当旧有的人类终于从天灾人祸中恢复过来的时候，发现自己生存的七个都市之外，已经是广大的未探索的荒野，也就是所谓的“新大陆”…… 　　谢巴赫肯博士，人类首屈一指的金头脑，抱着对新大陆及其生态系统的无限好奇，发起和组织了新大陆探险队，在这片旧人类眼中的未开发地区上，开始了奇妙的探险。　　在这里，他遇到了与自己在性格和思想上都截然相反的警备班长村上静马，并且在一个巧合的情况下，与村上形成了配偶性的体质。　　而正所谓乱上添乱，新大陆人发现博士和魔神有着相同的外表，抱着仇恨对探险基地展开了攻击。与此同时，魔神蓝恩出现在基地周围，提出“原兽文书” 的话题意欲带走博士……