U.C.0123年，位於SIDE4的秘密反地球联邦组织“先锋军团”发动了宇宙巴比伦建国战争，虽在对联邦军的作战中一路获胜，最终却因内部分裂而告失败。


0128年，反贵族主义者的旗舰在处女航中发生原因不明的事故，舰上以贝拉•罗纳和西布克爲首的反贵族主义核心人士全部在事故中失踪，生死不明。


时光流逝，转眼已到了宇宙世纪0123年，人类向宇宙移民的脚步迈得更远，在木星一带的殖民圈已形成了一个非常稳定的庞大体系。然而，就在这样的和平年代，依然有着不爲多数人所知的阴谋，在宇宙间悄悄地策劃着。


出身地球圈的少年托比亚•阿罗纳克斯与他的同伴们，正爲有生以来第一次如此接近木星而兴奋不已，他们作爲地球——木星文化交流与促进而派遣的留学生，将迎接在木星轨道殖民地区的生活。就在进入木星重力圈的时候，凄厉的警笛忽然响彻整条客船，惊愕的少年们可以从舷窗直接看到，来袭者是在巨大海盗旗舰带领下的神秘MS部队。而且，其中有一黑一白两驾背上有X型助推器的高达型MS，更是出奇地强悍，气势夺人。眼看着护航的MS节节败退，机械工学系出身的托比亚忍不住开啓舰内的一架MS出击迎敌。但在海盗高达压倒的强大能量与高性能面前完全不是对手，瞬间便被击毁，不过托比亚发现海盗们並不去杀害那些失去MS的机师们，就连爲首的那架刚交过手的白色高达也同样放他逃回船内。进入母船，托比亚才发现自己误进了货船，但也正是这一判断错误，令他发现了一件恐怖的事情：货舱中装满了武器与剧毒瓦斯！同时得知自己所尊敬的导师卡拉斯先生，竟是策劃这一行动的主谋，並且从卡拉斯口中得知，木星圈的阴谋家们，正企图以木星帝国之名，掀起一场巨大动乱，从而毁灭地球联邦。正当卡拉斯要将托比亚灭口的千钧一髮之际，白色的海贼高达出现将托比亚救出，並将他带到了海盗旗舰“十字先锋”号上。


虽然已接连经历了一串令人惊异的事件，但在海盗旗舰上听到的消息仍令托比亚难以置信：宇宙海盗的船长，居然是出身于宇宙贵族世家，十年前作爲反贵族主义女革命家而名动四方的贝拉•罗纳（塞茜莉），驾驶白色高达的王牌机师金克杜，便是当年驾驶F91的着名少年战士西布克，至於另一位驾驶同型黑色高达的王牌，竟是当年西布克的劲敌，死亡先锋军中黑色精英队的队长萨比尼。至於西布克与萨比尼所乘的强力机器人，其正式编号爲F97，通称海盗高达或者X高达。这些在记载中早已死亡的人，如今爲阻止木星帝国的野心，正在历史的背後不爲人知地持续着战鬥。然而，海盗们的路途远比想象中要崎岖坎坷得多：萨比尼在自己的野心驱使下又一次与贝拉及西布克爲敌；木星帝国的“黑色旋风队”等精锐战士亦驾着新型MS、MA挡在海盗们的前方；另外，托比亚在旅途中所救助的少女贝尔娜蒂特，竟然便是木星帝国领导者的血亲……


终於，在西布克、托比亚和同伴们的努力下，木星帝国的野心化爲泡影，人类史上又一场空前的战乱得以避免。不过，历史上关於海盗高达及其勇敢的机师们之记载，幾乎没有流传下来……